私は基本的にサイト(偽装施設)は大きめの工場や自衛隊基地、官公庁、あるいは一部のオフィスビルや普通の住宅など、そしてエリア(秘密施設)は全て地下施設のイメージです。勿論サイトも地下に大規模な収容施設や実験場があっておかしくないと思いますし、私はそういう体で書いてます。
内部の見た目は…正直SCP:CBなどの二次創作物のイメージが強いですね…無機質で必要な物以外何もない、殺風景な感じです。あんまりカッコいい物ではなくて、白くて地味な奴です。
構造は目的によってまちまちじゃないでしょうか?多数の危険なオブジェクトを収容するなら、物々しいコンテナが立ち並ぶ巨大地下施設になってるでしょうし、低脅威度の小物中心だったら普通のロッカーが並んだ普通の倉庫で十分だと思います。
あとはホントに事務作業する為だけのサイトとかもあって良いと思います。アパートの一室が実はサイト-81██みたいな…