翻訳お疲れ様です。いくつか気になった箇所があったのでお知らせします。
SCP-5456が運営していた施設は、偽情報プロトコル“毒物流出水域”の下に改装され、立ち入りできないように要塞化されています。
(原文: The property SCP-5456 operated from has been retrofitted under a "Poisoned Waterhole" disinformation protocol, and fortified against entry.)
waterholeは一般的に水場・水たまり・池などと訳されることが多いようです。"poisoned waterhole"で検索するとトイストーリーシリーズからの引用である可能性が窺える(さらなる原典は西部劇の世界観であることを考慮する必要はあるが)ので、プロトコルについたラベルか通称であり、実際に地元住民に向けて掲示される文面そのままではないと考えるべきかもしれません。
fortifiedはそのまま要塞化と訳される例が増えているようですが、まだ主にPC用語なので「不法侵入を困難にするべく強化工事が実施されています」といった感じでパラフレーズするのがいいかもしれません。
FBI/UIUの調査で結論が得られなかった後、予算の引き渡しが行われました。
(原文: A budget handover was facilitated following an inconclusive FBI/UIU investigation.)
ここでのbudgetはおそらく形容詞で低予算・安価といった意味の方です。
ねぇ、それは君を笑わせるだろう、でも君にはあの日何が起こったかを是非笑わずに聞いてもらいたいんだよ。
(原文: Now, it's going to make you giggle, but I need to hear you to say what happened that day without laughing.)
"need to hear you to say"はもしかしたら、「君が(…)言うのを聞きたいんだよ」の方かも知れません。
沈黙、足早に歩く音。
(原文: Silence, sound of feet shuffling.)
shuffleはダンスの文脈以外ではもっぱら足を引きずって(のろのろと)歩くの意です。