上記箇所のみ確認したのであまり正確ではないかもしれませんが
pigmentation in all objects has a tendency to shift and flow
have a tendency to~で「~する傾向を持っている」です。
私なら「あらゆる物体の色素は流動的で変化しやすく、」ぐらいに訳します。
他にも何箇所かtendencyを吹っ飛ばしてるようなのでもう一度確認されるのが良いと思います。
return prompted local police to investigate
their failure to return(ここまで主語)prompted(過去形の動詞)local police(目的語) to investigate(目的格補語).
what part of SCP-818's scripted program was being enacted
ざっくりとした訳ですが「SCP-818が構想した芝居(空想)のどんな要素を演じさせられていたか」ぐらいの意味でしょう。
D-837役ならD-837になります。
those which have shown flexibility in the past, being manipulated
testing was scheduled to determine how SCP-818 would react to certain events being manipulated.に挿入部分specifically those which have shown flexibility in the past,なのだと思います。
those whichで動詞は原形のhaveですから、これはcertain eventsの関係代名詞です。
「SCP-818が、コントロールされている特定の事象、特に過去にその柔軟さが示されているものに対してどのように反応をするか確かめるための実験が計画されました。」といったところでしょうか。
文の解釈には少々自信がないですが、実験結果の抜粋を見る限り、ある程度融通が効き変化を起こさせやすい塗り絵などの行動に干渉するとどうなるかという実験ではないでしょうか。
each mirroring the first→この部分は第一 (の実験) と同様の現象が起きた、と解釈しています。
問題ない解釈だと思います。