建造物や敷地に関する懸念は同オフィスに提出する必要があります。
「建造物や敷地に関する事項は同オフィスが受け付けます。」でどうでしょうか。
concernは、ここでは単に「～に関すること」かと思いました。（結果、directの訳にやや悩むことになりました）
緊急!!! もういやだ
「緊急!!! 勘弁してくれ」でどうでしょうか。
先に「もういやだ」との和文を読んだ時点では、「O5-2はあらゆる職務に対して逃避的になっている」のかと思いました。
しかし、実際はそこまでの意味ではない気がします。
どんな時でも、もう1つ死体が増えるよりは、200人の燃え尽きたスタッフの方がマシだ。
「どんな時でも、もう1つ死体が増えるよりは、200人のスタッフが燃え尽きる（または疲れ果てる）方がマシだ。」でどうでしょうか。
句と節を比較する形になっていたので、節同士の比較に統一してみました。
全てが簡単になったが、彼はそれに順応できなかった。そして、何かを見落としているという合理的な結論に至った。些細な事故も、統計的にありそうもない出来事も、全て彼の責任になった。
「彼はあらゆる職務を容易にこなせるようになりつつあったが、彼はそうした状況には慣れていなかった。そして彼は、自身が完全には果たしていない職務が存在するという合理的な結論に至った。些細な事故も、統計的には予見できないような出来事も、全て彼自身の落ち度と考えるようになったのだ。」
訳文がピンと来なかったので、私なりに訳してみましたがどうでしょうか？
missの次のthingsは、Every little accident or statistical improbabilityと同じ類の意味であり、miss thingsは、「（達成可能であるにもかかわらず）取りこぼしがある」との意味であるように思いました。
ラベル: "実践.exe"
名前なので、そのまま"practice.exe"でもいいかと思いました。
意味的には「練習」かもしれませんね。マン博士のキャラクターには詳しくないですが、本記事を読む限りではもっとすごいAIを作れそうな人物に思えますので。
(コメント被りでした。大変失礼しました)
財団には検出できない場所へ移住したのだと仮定した。
「財団には検出できない場所へ移住したのだと考えていた。」でどうでしょうか。「推測していた」でもいいかもしれません。
「仮定」は「XXするにあたり、YYと仮定する」「YYと仮定してXXする」などの用法が通常であり、XX部分無しでは使用しないと思います。
そういう他人思いの男だった。
忠実に「利他主義的な男」などと訳した方が良いかと思いました。「他人思い」だと「身近な人を大事にする」という印象です。
見事な軍師だったが、彼がその境遇に納得していたかはまた話が別だ。
「軍師」は助言者、立案者、顧問のような立場なので不適切に思えます。
飲み仲間へと変わった。
直後に、「我々の中に、彼と一緒に長々と過ごしたがる者は一人もいなかった」とあるので「んん？」と思いました。
やや冗長かもですが、「共に酒が飲めるような男へと変わった。」などでしょうか。
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