既存作品にある全てのインタビュー記録が、博士と研究員の使い分けにこだわってはいないと思います。
その上で違いを考えるとすれば、博士と研究員の大きな違いは「知識の差」にあると思われます。インタビューは人物間で行われるものですから、質問する側に十分な知識がないと有効な質問ができず、よって有効な回答を得ることができません。
ですから、単純なよくある質問をする程度であれば研究員を起用し、より専門性のある質疑応答やインタビューを行った博士自身による深い見解の掲載を必要とするならば、博士を登場させたほうが適切な配役となるのではないでしょうか。
博士・研究員以外の職務に就く人物がインタビュアーになるケースも考えられますが、その場合は「そのようになった特別な理由」が必要になるかもしれません。例えば、現場から財団サイトへ対象を連れて行くことができないため、発見者である機動部隊員やエージェントがその場で初期情報確保を兼ねたインタビュー会話を行うことはあり得ると思います。
また、SCP-1917-JP - 夜が明けるまで踊らせて、それがダメなら貫いては正確にはインタビュー記録ではないかもしれませんが、会話ログ内で財団関係者ではなく一般人がインタビュアー相当のポジションとなっています。