原文・訳文とも全部に目を通したわけではありませんので、参考程度に。
When you get to a shade about the same as what you see coming from the flashlight
shadeには「色合い」の意味があります。
読み込んでいないのでlayerが何なのか今ひとつ分かりませんが、それが白くなっていくという描写があるので、
「懐中電灯から伸びるそれ（今あなたが見ているそれ＝光）とほぼ同じ色合いに達すると」といった訳になると思います。
what could have been
これは過去の可能性のcouldですね、この名詞節は「なり得たかもしれない何か、あったかもしれない何か」といった意味です。
sigh at 名詞で「～の事に関してため息をつく」なので
「我々はただその経験のためだけに放射線障害で死ぬようなことをするほど、Dクラス職員を羨んではいない。とはいえ、そこに在ったかもしれないことを想像し、ため息を漏らすのには十分ではあるが。」
他に幾つか気になったので
Interviews from multiple expeditions have shed light, so to speak, on what one would experience.
挿入部分が挟まっていますが、shae light on～で「～に光を投げかける、解明する」です。
「複数の探査隊からのインタビューは、言うなればそこを歩いた者が経験するであろうことを明らかにしている。」
あと、専門家ではないので断言はできないのですが、この記事でradiationを「放射線」と訳すのは問題があると思います。
英語でのradiationは広義ではあらゆる波や粒子などの放射を意味し、熱放射、赤外線、可視光、紫外線、電離放射線までの電磁波や各種粒子線も該当します。
一方で日本語の「放射線」は、基本的に電離放射線のみを指します。
SCP-1859では可視光も偏移していますから、少なくとも電磁波は全てradiationの定義に含まれるはずです。
記事中でも電離放射線をionizing radiation、可視光をvisible radiationとして区別していますよね。
広義のradiationを日本語でどう訳すのかはちょっと分かりません（「放射線」で合っているかもしれません、そうだったらごめんなさい）。
単純に「放射」で良い気もしますが、ともかく物理や工学を専攻されている方や専門書で確認されるのが良いと思います。
