明確なカノンとしては何も設定は存在しません。つまり、あなたの自由裁量に任されているということです。加えて、JPの要注意団体とコラボしたこともないので、どうなっているのか誰にもわかりません。
以下は私見ですが、
降伏後も異常事例調査局が活動していたところを見るに、一般的な解釈である蒐集院の後身としての財団日本支部が発足する頃には、すでに政府組織ではなく地下組織として活動していたのかもしれませんね。
ちなみに異常事例調査局が大日本帝国政府のどの機関のものなのかも(見た感じ陸軍が一番有力ですが)不明です。たぶん記事執筆者はそこまで旧帝国政府の構造に詳しくないので、かなり私達に想像の余地を残しているように見えます。