捕縛以外の手段としての抑止、という形を本記事では想定しています。
また、時間旅行者が存在してしまっており、それの発生が防げないという状況では、再構築シナリオの発生そのものは確定していますので、あとはどれだけ致命的な再構築を避けうるか、という点に対策が終始するかと思います。
その場合で、時間旅行者の自然消失は財団にとって「確認されるものの中では最もマシ」な結果であることから、その当時のプロトコルを現行では維持していると考えています。
そうなりますと、タイムラインの固定等、時間の流動性などに大きく干渉して時間旅行者を防ごうとするやり方は、その実現能力の有無も含めて危険な方法であると思います。試験的に試すことですら、時間旅行者たちが及ぼしうる破滅を財団の手によって招きかねません。
とはいえ、時間に対する見方としては財団世界でも、現実世界でも大きく解釈の分かれるところだと思います。その点を考慮した、記述、説明の追加等は良いアイデアが起こり次第追加することになるかもしれません。