ネガティブな指摘が多い(結果として偉そうに見える)点は、思考過程の関係ですのでどうぞご容赦ください。
第一: ⑤光学的現象に関連するコード
(蒐集院/Aurora Anthelion, 負号部隊/Aurora Paraselene, 異常事例調査局/Aurora Glory)
理由: Gloryが使えることと旭日旗からの連想が可能なことからこれを第一候補とします。ただ、そういう意味だとParaseleneは微妙な気がします(月関連はイスラム系のシンボルという点もあり)。また、コードがこれから大きく増えることはないと思いますが、光学現象は意外と使えるものが限られていて今後の拡張性が低い点も考慮が必要です(光学的現象の用語にはcircumzenithal arcみたいな二単語構成で微妙に分離の悪い上に長い単語が多い)
第二: ⑧同上、その2
(蒐集院/Aurora Cannabis, 負号部隊/Aurora Citrus, 異常事例調査局/Aurora Morning GloryまたはGlory)
理由: 自推です。こちらもGloryが使えることから。しかし、雑多に過ぎるのと、日本の植物というよりは「日本人に親しまれた植物」という方が正しい(大麻は全世界で栽培されているし、朝顔は東南アジア原産)ところが難点。あとは大麻にはドラッグのイメージがついて回るという点も。
他の各候補へ対する個人的な見解です。
①花に関連するコード
(蒐集院/Aurora Daisy, 負号部隊/Aurora Lycoris, 異常事例調査局/Aurora Cherry)
Cherryが桜花の意味になるかどうか微妙なところがあるのではないかと思います。
また、Lycorisは英語圏ではもっとカラフルな品種も多く、あの世とのつながりも示唆されない気がします。(GOC側は意図していなかったが偶然そうなった、というのはありだと思います)
②光に関連するコード
(蒐集院/Aurora Spectrum, 負号部隊/Aurora Shadow, 異常事例調査局/Aurora Glory)
Gloryが入っているのですが、この単語には直接的な光の意味はほとんどない(絵画や光学現象での後光・光環の意味はある)ようですので、栄光という日本訳の「光」に引っ張られ過ぎている気がします。
③病に関連するコード
(蒐集院/Aurora Pneumonia, 負号部隊/Aurora Cancer, 異常事例調査局/Aurora Stroke)
敵対組織とはいえ貶めすぎかなという気がします。あと、完全に私見ですが蒐集院は喘息:asthmaが好み……
④鉱石に関連するコード
(蒐集院/Aurora Chrysoprasos, 負号部隊/Aurora Granites, 異常事例調査局/Aurora Aurum)
色関係、特に緑色は人型脅威分類で人気なのでそこをどう考えるかです。
また、翡翠(または軟玉)は中華系オブジェクトでは人気なので紛らわしくないか(というよりむしろ中華系の象徴にならないか)、ラテン語を使うのは自然か、ラテン語としてChrysoprasosが適切なのかどうかという疑問もあります。鉱物名(これも形式的にはラテン語です)のJaditeの方が良いかもしれないです。
⑥空に見えるものに関連するコード
(蒐集院/Aurora Pleiades, 負号部隊/Aurora Merope, 異常事例調査局/Aurora Glory)
星と光環で統一感が不足していると思います。
⑦日本の植物に関連するコード
(蒐集院/Aurora Wisteria, 負号部隊/Aurora Citrus, 異常事例調査局/Aurora Cypress)
種名でなく属名(WisteriaとかCitrus)では日本固有にならない気がします。